L'interno ha una navata unica di quattro campate con volte a crociera, leggermente ascendente verso transetto e abside poligonale. Un passaggio percorre il muro alto all'altezza dei capitelli. La relativa sobrietà della navata concentra lo sguardo sulle opere vicine al transetto, ma le pareti avevano in origine una decorazione pittorica più estesa.1,2,3,8,4
Le due cappelle laterali vicine al transetto furono aggiunte dopo il progetto originario. La Cappella di Sant'Agnese, a sinistra, fu detta anche di San Michele e oggi è Cappella del Santissimo Sacramento. La Cappella di San Giorgio, a destra, comprende Crocifisso di San Damiano, dipinti murali, spazio di preghiera e confine con il coro delle sorelle. Cappella, croce, coro e clausura non sono spazi equivalenti.3,2,1,4
L'elenco esatto delle sepolture e reliquie nella Cappella di Sant'Agnese è irrisolto. Una guida corrente indica Agnese, Beatrice, Ortolana, Amata e madre Benedetta come sepolte nella cappella. Un'altra storia responsabile distingue reliquie e spoglie con gradi diversi di certezza e aggiunge Francesca come possibile. Nessuna sepoltura o reliquia individuale va pubblicata prima che autorità ecclesiastiche e conservative riconcilino identità, luogo, contenitore, custodia e terminologia.2,3,1,7